〔自由時報記者林恕暉／台北報導〕交通部高鐵局、鐵工局等非法定編制機關，在這一波組織改造中正式納入交通部編制，估計有七百多名非國考進用的派用人員納編。儘管派用條例規定需原職任用至離職，但行政院版組織法草案卻訂定十年過渡期保障條款，讓派用人員可在十年內升遷，未來得以較高職務、薪水辦理退休，勢必造成政府退休支出增加。
立委批：破壞體制 不公不義條款
立委葉宜津指出，派用人員應該是臨時編制，階段性任務達成後就離開，馬政府卻以組織改造之名，訂定過渡保障條款，不僅讓他們任職到退休，甚至可以升遷調薪，根本是破壞公務人員體制，是不公不義的條款。
銓敘部政務次長吳聰成表示，銓敘部原本也認為應依派用條例原職任用辦理，當時已表達不同意見，但行政院堅持應訂定過渡期保障條款。
原本只是臨時機關的高鐵局、鐵工局，將在組織改造後改制為「鐵道局」。根據行政院資料，高鐵局、鐵工局有近八成人員都是派用人員，當初多以學歷、經歷做為任職依據，依法應是以原職任用，任務完成後就離職，卻隨著高鐵局、鐵工局不斷承攬各類捷運、鐵路工程而繼續任職；另外，由公路總局改制的公路局、由港務局改制的航港局，都有派用人員，交通部總計約有七百多人。
由於遭立委質疑，交通部原規劃十五年的過渡期條款，在行政院審議後縮減為十年。行政院版的鐵道局組織法草案說明欄也指出，高鐵局、鐵工局人員平均年齡為四十七歲，年資為十八年，「十年之過渡緩衝期得以讓大部分同仁具退休資格」，表明要讓大多數派用人員可在該機關退休。
立法院司法及法制委員會審查交通及建設部組織法草案時，葉宜津等人仍對此高度質疑，初審保留該條文交付協商；但交通部長毛治國認為，不訂定過渡條款將不利於工程推動，力推過渡期保障條款過關。政黨協商時，交通部表明可將十年改為九年，企圖換取反對派立委點頭，但民進黨團總召柯建銘說，民進黨尚未簽字同意。