國科會副主委孫以瀚昨重申，教授以假發票報銷從去年五月揭露以來，可分為兩類：第一類是將公款放入私人口袋，這種不應寬容、不該同情；另一種是將錢用在研究上，因報帳核銷制度過於僵化，而選擇「買Ａ物、報Ｂ帳」，報帳核銷名實不副。
由於事關重大，朱敬一、翁啟惠與教育部長蔣偉寧昨天碰面討論。「他們有錯，但點名貪汙太嚴重。」朱敬一認為，這些教授並非報帳專長，如果只是報帳品項不對，並未將錢放入口袋，將視個案給予法律協助。他擔心往後還會牽扯出更多人，已讓許多學者士氣低落，「這對學術界打擊太大」。
涉案教授主持計畫遍及國科會、中研院、國衛院、農委會林務局、動科所、藥毒所等單位。翁啟惠昨天稍晚指出，「公款私用就是貪汙」，若公費仍用於研究則是過去制度設計不合理，讓研究經費流動彈性不夠。
他說，相較於國外只須提出說明就能變更項目，國內需要三至五個月才有結果，許多教授為讓研究進展順利而違背規定。
翁啟惠認為，科技研究與公務體系不同，應公教分軌，學術研究依照《科技基本法》來看待，而非以《貪汙治罪條例》將教授當成公務員。
孫以瀚表示，《貪汙治罪條例》立法目地在「嚴懲貪汙、澄清吏治」，台灣一方面希望研究者發揮創意，一方面經費核銷制度又太過僵化，法律適用應再給予審酌空間。