在組改審查過程中，為了不被降級或被併入其他機關，不少官員私下動作頻頻，在審查組織法前，幾乎天天到立院報到向立委求情，甚至動員地方黨部主委說項，讓政院的組改規劃「亂了套」。
例如，營建署下水道工程處將移到環資部內。據瞭解，該處人員便積極運作，透過立委提案升格為「下水道署」，遭到民進黨立委田秋堇反對，「成立一個署專蓋下水道，簡直是笑話！」
更離譜的是，利益團體藉由組改機會「趁虛而入」，積極向立委展開遊說。目前除醫美外，牙醫是健保自費項目最多的科別，背後牽涉龐大利益。過去醫界團體都積極遊說推動專法、專責單位，但最後因爭議過大未果。未料，竟有立委提案成立「口腔健康司」，最後因塞不下二級單位，只好併為「口腔及心理健康司」。
「為何不成立眼睛司、耳朵司？」由於邱文達的女兒是牙醫，單以提升國民口腔健康理由成立口腔健康司，難免引人聯想。
還有動保團體透過立委向農委會施壓，要求成立「動物保護司」。為安撫民間團體，農委會只好承諾待未來將成立常設任務型編組式的「動物保護會」，也引發部分立委批評，陳保基首開惡例，組織法尚未通過前就答應設立「黑機關」，成何體統？