海基會副祕書長兼發言人馬紹章回應稱，不管是薪資年終或考績獎金，都是依政府規定辦理，年終獎金比照現行公務人員一．五個月「年終工作獎金」；考績獎金主要是參考現行公務人員考績法，海基會制定相關規定後，由林中森董事長考核通過領取。
民進黨立法院黨團幹事長潘孟安指出，政府成立的營業與非營業基金，發放高額年終獎金，光是前年發放總金額就達二八六億元，且其中尚未包括績效獎金。
他舉例，金管會主管的財團法人如住宅地震保險基金、保險安定基金、金融研訓院、汽車交通事故特別補償基金等，一○一年度員工績效加考核獎金都發四．六個月，政府基金簡直是超級大肥貓。