民進黨團幹事長潘孟安在立法院舉行記者會表示，政府成立、主管的營業與非營業基金，發放高額年終、考績獎金，最高達4.6個月。非營業基金發放總額新台幣286億元，且這只是年終獎金，還不包括考績獎金。
民進黨團書記長蔡其昌表示，這些財團法人應比照公務人員考核辦法，才能公平發放相關獎金。
民進黨籍立法委員何欣純表示，海峽交流基金會功能性愈來愈差，海基會秘書長高孔廉卻有年終獎金35萬3000元、考績獎金58萬9000元；民進黨籍立委李昆澤說，近百萬勞工薪水約2萬元，幾乎沒年終獎金。這些財團法人沒績效或虧損，員工卻領高額年終、考績獎金。
海基會發言人馬紹章受訪時表示，行政院在民國100年2月頒布政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則；101年11月16日，行政院大陸委員會邀外部學者、專家召開海基會秘書長薪資基準評定會議，高孔廉薪資符合規定。
馬紹章說，海基會員工考核辦法比照公務員相關規定辦理，考核施行細則同樣經陸委會審核同意。