政府第二階段組織改造元旦上路。根據行政院組織法，交通部將更名為「交通及建設部」，但由於原本要併入交通部的營建署後來決定續留內政部，使得「交通及建設部」變成「有名無實」，還為了改名花費約新台幣6千萬元。
負責主導組改的研考會主委宋餘俠2日在立法院司法法制委員會受訪表示，交通及建設部組織法目前仍在立法院審議，即使營建署不動，公共工程委員會仍將併入，業務涵蓋營建產業管理、工程規範制訂及工程品質查核，所以還是稱為「交通及建設部」。他說：『(原音)現在還是有比較多一點的工程會同仁會到交通及建設部，所以還是稱做交通及建設部，還是可以涵蓋營建產業的管理，還有工程規範的制訂，還有工程品質的查核，所以還是有很多負責建設的同仁是在交通及建設部。』
至於營建署是否續留內政部？宋餘俠則說明，營建署兵分3路，還是有部分人員編進交通及建設部，且交通及建設部轄下所屬的三級機關也由9個整併至6個。
內政部長李鴻源則指出，由於都市計畫與交通、排水的基礎建設是一致的，要是將相關業務劃入交通及建設部，未來都市計畫的執行會有許多困難，所以後來營建署的大部分業務才又回到內政部。李鴻源認為，交通部在工程會納入後業務擴大，還是有必要改名。