馬英九總統1日發表元旦祝詞，兩岸關係部分，依舊強調兩岸在「九二共識，一中各表」基礎上，推動和平發展，馬英九在談話中還特別向習近平喊話，認為兩岸領導人，將確保台海永久和平當成「首要之務」，而交流制度化，正是維持和平的重要關鍵。
馬英九認為，兩岸應鞏固「九二共識，一中各表」基礎上，持續推動兩岸和平發展，全面擴大與深化兩岸交流。
話鋒一轉，馬總統向大陸新領導習近平喊話，強調兩岸人民同屬中華民族、炎黃子孫，雙邊的領導人，都應確保台海永久和平，把此當為「首要之務」。接著他指出，兩岸交流越制度化，兩岸人民對彼此的認識越深入，兩岸的和平也就越鞏固。
對於兩岸未來，馬英九強調政府將加速ＥＣＦＡ的後續協商，進一步放寬陸資、陸生、陸客自由行。此外，政府也決定針對「兩岸人民關係條例」進行修正，取消不合時宜的限制與歧視性規定。
最後，就是積極推動兩岸兩會互設辦事機構，照顧每年來往兩岸間數百萬的廣大民眾，為兩岸和平發展的制度化打下更堅實的基礎。
馬總統指出，兩岸和平是亞太和平的重要基礎，也是促進經濟發展與提振投資意願的必要條件。中華民國未來會繼續扮演推動和平、促進繁榮的建設性角色。
對東海爭議，他也重申東海和平倡議，期盼陸、日、韓新領導人，能互相合作化解緊張局勢，讓東亞回到經濟合作的正軌。