證券交易所得課稅1日實施，從2013年到2014年止，採雙軌制課徵，也就是說，除了出售10張以上2013年以後掛牌的上市、櫃(IPO)股票或賣出100張以上的興櫃股票，以及非中華民國境內居住的個人無法選擇課徵方式，其餘投資人都可以從「設算課稅」或「核實課稅」二選一。
根據統計，台灣證券投資戶數在去年底達到910萬戶，根據財政部的統計，選擇「核實課稅」的投資人只有3千戶，還可以盈虧互抵，加上2012年台股封關時指數沒有達到「設算課稅」的門檻8500點，因此即使證所稅開徵，大多數投資人不會受到影響。華南投顧董事長儲祥生說：『(原音)因為都用設算制，設算制影響非常小，要到8500點才可能對心理面造成壓力。現在離8500點還有一段距離，大家應該不會有太大壓力存在。我特別舉78年的例子，真的施行的時候，因為該反應也反應差不多了，就回歸基本面，有沒有行情讓你賺錢比較重要，大家不會去care稅的部分。』
至於選擇「核實課稅」的投資人，稅率一律為15%，投資人必須在次年5月辦理結算申報，並減除取得成本與證交稅、手續費等必要費用後，再計算所須繳納的稅額。