馬英九總統1日發表民國102年元旦祝詞，除了點出台灣目前面臨的四大挑戰及政府的因應措施外，也特別提及兩岸及台美關係。
馬總統表示，兩岸和平是亞太和平的基礎之一，也是促進經濟發展與提振投資的必要條件。他希望兩岸關係能在現有的良好基礎上持續發展，並擴大各項實質交流。他說：『(原音)我們將加速兩岸經濟合作架構協議(ECFA)的後續協商，進一步放寬陸資與陸生來台及陸客自由行，近期內還要通盤檢討與修正兩岸人民關係條例，取消不合時宜的限制與歧視性的規定，政府也將積極推動兩岸兩會互設辦事機構。』
馬總統也指出，台灣一向珍惜與美國的友誼，政府樂見美國總統歐巴馬連任後持續深化台美關係，並發揮維護東亞安全秩序的重要關鍵作用。
馬總統並再次呼籲美方儘速重啟台美貿易暨投資架構協定(TIFA)協商，擴大台美的經貿關係。
此外，針對近來東海情勢緊張，馬總統也重申東海和平倡議，主張相關各方擱置主權爭議、合作開發資源，讓東海成為和平與合作之海。