國防部表示，政風室成立後，設置於軍政部門，「總督察長室」則整合施政、戰技術、軍紀及財務督察功能，肩負戰備演訓重責的軍令系統，強化全方位的督察體系，日後將透過「政風」與「督（監）察」互相合作，採「雙軌併行、複式監督」，共同執行防治貪瀆不法及整飭軍風紀任務，並藉由橫向協調聯繫，充分發揮加乘效果。
總統馬英九先生曾公開強調，不論在任何時代，「廉能」均是政府必須追求的目標，我政府亦追求兼顧「廉」與「能」的展現，尤其以「國際透明組織」近期公布的「二０一二年清廉印象指數」，全球前十名的清廉國家均為治理良好的先進國家，足證國家的廉政表現與其競爭力成正比；雖然今年我國的清廉印象指數在東亞地區排名第四，放眼國際包括丹麥、芬蘭和紐西蘭，都得到高分，顯示政府還有繼續進步空間，打造一個廉能且高效率的政府，也是未來不容改變的目標。
軍紀嚴明就會增進人民對國軍的信賴，所以國防部特別注重軍風紀維護工作，要求各級幹部以走動式管理，強化軍紀營規，塑建國軍優質形象。近年來，政府努力改善國內貪污情況，許多相關機關主動向檢調單位檢舉，唯有不怕家醜外揚的心態，才能杜絕貪腐、贏得人民的信賴與尊敬。
國防部表示，政府為鼓勵檢舉貪污瀆職及保護檢舉人，對貪瀆案件檢舉人設有保護措施，國軍各單位除應積極教育官兵正確檢舉不法的觀念外，也希望全體官兵勇於檢舉貪污瀆職等不法情事。國防部相關受理反貪瀆專線及信箱分別如下：
一、採購稽核小組：臺北市汀州路三段八號；電話：（02）23676534。
二、戈正平信箱：臺北郵政九００一二附六號；電話：（02）23117085。
三、端木青信箱：臺北郵政九００一二附五號；電話：（02）23119706。