部分公司企業，例如房屋仲介、壽險、汽車等行業銷售人員薪資結構為低底薪、高獎金，健保局將會比對雇主的人事支出與員工投保薪資的差距，人事支出超出員工薪資的部分，雇主要負擔2%的補充保費。
中央健保局指出，不僅是員工業績獎金、年終獎金，公、民營企業行號聘請外面的顧問、講師或演藝人員，前來演講、上課、表演，所發給的鐘點費與車馬費，如果會計帳目列為「薪資」時，雇主也是繳交補充保費。
衛生署健保小組估計，許多雇主將加班費、年終獎金、績效獎金、紅利名義，當成員工的薪水一部分，以便健保投保薪資「高薪低保」。預測二代健保上路後，高薪低保逃不掉補充保費，民營雇主1年要繳新台幣97億元，公營雇主28億元。
上有政策、下有對策，部分企業改以員工福利委員會名義，辦理員工進修、發放三節禮物禮券或代金、安排尾牙節目，雇主節省補充保費，健保局也表示這並不違法。
部分高獲利企業提前發放年終獎金，避免明年要繳健保補充保費；然而，衛生署指出，員工年終獎金提前入袋，併入所得稅，明年可能要多繳稅，不見得划算，雇主過了明年，不論何時發年終獎金，補充保費都跑不掉。