體委會青輔會 正式走入歷史
體委會與青輔會自一○二年起正式走入歷史，其業務併入教育部，成為教育部體育署及教育部青年發展署。
對於體委會與青輔會業務併入教育部，研考會主委宋餘俠表示，新聞局的業務轉換經驗可供作參考，且這兩會併入教育部的業務與人員較早確定，業務銜接應不致有問題。
國防部將從現行六個司令部調整為陸、海、空軍三個司令部；其中聯合後勤司令部併入陸軍司令部，後備、憲兵司令部改為指揮部。
財政部除了現有業務外，將再納入公共工程委員會促進民間參與公共建設業務、內政部國有新生地開發的非工程業務；原關稅總局的燈塔及助航設施業務將移至交通部航港局。現行的稅制委員會則整併到財政部本部，台北區支付處將整併至國庫署，原有的財政部關政司將與關稅總局整併成立關務署。
另有13部會 尚待立法院審查
政府組改仍有十三個部會組織法案待立院通過，宋餘俠說，將繼續與立法院溝通協調，讓剩下的組改法案儘快通過；他表示，組改分批完成立法、分階段實施，目前業務銜接都能順利完成。
行政院組織改造從原本的三十七個部會減為二十九個部會，成為十四部、八會、三獨立機關（中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會）、一行（中央銀行）、一院（故宮博物院）、二總處（主計總處、人事行政總處）。