其中「通盤檢討《兩岸人民關係條例》」事關馬英九第二任追求的兩岸歷史定位，「擴大深化交流」和「推動兩岸兩會互設辦事機構」只是鞏固兩岸既有的成果，以及鋪墊歷史定位的基礎。當前的《條例》公布於1992年7月31日，彼時兩岸雖然已經開始交流，然而敵對的意識、生活水平的差距，依然十分明顯，所以立法目的主要是為了解決兩岸人民交流中衍生的糾紛，而非規範兩岸和平發展的關係。據悉，馬英九將朝「開放的」、「公平的」與「前瞻的」三大方向，全面修改《條例》，為另一個20年的兩岸關係確立經緯。
然而，欲達成這個歷史定位絕非易事。且看近來高雄高明貨櫃碼頭投資案，儘管民進黨執政的地方首長以經濟發展為由而樂觀其成，但黨中央卻緊守「國安思維」反對到底，這是未來修法「開放」要面臨的挑戰。再看陸生健保案和陸配取得身分年限案，因為台聯及民進黨立委的杯葛，多次退回程序委員會，即使只是要求比照外籍生、外籍配偶都困難重重，未來欲修法創造「公平」，談何容易。
不過最重要的莫過於「前瞻」，習近平上台後加速「促談不促統」的兩岸政治對話，乃至政治談判的準備工作。可是馬英九「互不承認主權，互不否認治權」的宣稱，已意在言外的詮釋了他所謂兩岸「特殊關係」的極限，即：承認兩岸同屬一國或一中，主權及領土沒有分裂。畢竟習與馬的任期重疊僅僅3年，兩岸能夠藉由政治對話確立這個「特殊關係」已屬不易，對岸也不會有過多期待。
因此，《條例》的檢討與翻修可謂困難重重，開放與公平不可得，前瞻更是有限，兩岸之間的政治談判，甚至和平協議的簽訂，可能要在民進黨重返執政，或者馬英九的繼承者任內才會展開。換言之，馬英九的兩岸歷史定位是悲觀的，再怎麼賣力演出，唱的終究是壓軸戲，最後一齣戲的大軸另有其人。