行政院組織法民國99年2月3日修正公布，行政院從37個部會減為29個部會，成為14部、8會、3獨立機關（中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會）、1行（中央銀行）、1院（故宮博物院）、2總處（主計總處、人事行政總處），並自民國101年1月1日開始施行。
截至目前已按新機關組織架構啟動的包括外交部、文化部、法務部、金融監督管理委員會、國家通訊傳播委員會、行政院主計總處、行政院人事行政總處、公平交易委員會、僑務委員會、客家委員會、中央選舉委員會、中央銀行、故宮博物院等13個部會。
財政部、教育部與國防部的組織改造明年元旦啟動，除了這16個部會組改上路，還有13個部會組織法案將待立法院三讀通過後，分批啟動。
國防部及所屬機關的整併，將從現行6個司令部調整為陸、海、空軍3個司令部（聯合後勤司令部併入陸軍司令部，後備、憲兵司令部改為指揮部）。
財政部除原有業務，將再移入行政院公共工程委員會促進民間參與公共建設業務、內政部國有新生地開發的非工程業務，原關稅總局的燈塔及助航設施業務將移至交通部航港局。
原有的稅制委員會將整併至財政部本部，原有的台北區支付處將整併至國庫署，原有的財政部關政司將與關稅總局整併成立關務署。
教育部除原本業務外，併入體育與青年輔導業務；行政院體育委員會與行政院青年輔導委員會都將走入歷史，正式併入教育部，成為教育部體育署與教育部青年發展署。
行政院研究發展考核委員會主委宋餘俠表示，組織改造以「分批完成立法，分階段施行」原則，循序推動；尚有13個部會組織法案待立法院審議通過，會再與立法院積極溝通。