王郁琦昨列席立法院內政委員會，民進黨立委段宜康指出，孫亞夫在研討會對我們的政策指指點點，批評本土化教育是逆流；政府給孫方便，讓他以民間人士名義來台，結果他把我們當什麼？孫還在研討會「宣講」中共十八大報告中提出的對台三大任務問題，陸委會允許他披上學術交流外衣、戴上民間人士帽子，難道都不用約束他的言論？
王郁琦說，孫亞夫的言論不會影響政策，對人民也沒有效果，港澳媒體的評價「顯然不是事實」；他強調，中國專業人士來台，都會依據規定來辦理，政府也一定會約束他的行為。
立委陳其邁質疑，今年三月陸委會在內政委員會要求下，提出台灣人在中國擔任人大、政協委員違法名單，為何迄未完成懲處？王郁琦竟回答，「三月我還沒上任、不要算在我頭上」；後來表示，懲處關係人民權益保障，須讓當事人陳述意見，因為部分人士尚在中國，相關單位還在進行調查。