代表農委會主委陳保基與會的副主委王政騰說，農委會發現10%的農戶未注射疫苗，30%養豬場未達抗體力價標準，且金門還發生當地政府財力足以全額補助下，竟未施打，爆發日韓型、不同於台灣現有口蹄疫型的新疫情，因此決定要調整政策做法，改採事後獎勵，提高施打率。
他說明，因為防疫要做到成為非疫區很難，連1%不施打疫苗的遺漏發生都不行，所以明年起改為獎勵績效達抗體力價16倍標準者，不足者懲罰的新制。
今天公聽會上，朝野立委陸續發言。
最先發言的台灣團結聯盟立委許忠信說，他認為補貼跟加強可以並行，推動養豬業者簽署團體協約，約束10%未打疫苗農戶落實施打即可；且可用開罰不落實疫苗施打的農戶所收的罰款，作為獎勵金使用，如此一來，也不會造成政府財政負擔加重。
國民黨籍立委張嘉郡質疑，「怎麼可以因為有人不守法，去打擊到其他守法的養豬戶？取消補助能提高施打意願嗎？答案是No。」
她還說，舉高雄市為例，規劃自行補助；反之，經費不足的縣市政府就沒法補貼，「這樣不公平政策的衍生，竟是因為農委會的新政策引發出來？讓養豬戶人心惶惶。」
她擔心取消舊制，非全台共同採購，已出現日前中央畜產會為500頭以下小型養豬戶及草食動物共同採購疫苗多次流標情況發生，而且價格從每劑新台幣13.8元漲到25元；其他自行採購情況價格可能更高，等於給廠商坐地起價機會，被宰割的是這些豬農，國際飼料也在漲，「難道主管機關不能不在這時候下重手？」
公聽會主席、民進黨籍立委陳明文認為，既然新、舊制間的經費編列沒減少，就不用改了，因為新作法未必達到農委會要的效果。
民進黨籍立委黃偉哲說，懷疑是對曾有抗議行動的豬農做政治報復，建議在某些縣市先試辦，確認效果再說。
中華民國養豬協會理事長楊冠章另提出持續補助的舊制補強觀點，他說，農委會也知道，若沒南豬北運，口蹄疫爆發率一定會降低；但農委會考量成本太高，取消台灣自己製造疫苗的政策，對養豬戶不公平，口蹄疫要撲滅原本就很難，只有靠政府幫忙推一把。