民主進步黨籍立法委員林淑芬表示，行政院版草案規定濕地評定、變更、廢止與公告等，「廢止」與濕地保育的立法精神不符，應刪除。
中國國民黨籍立委邱文彥也說，濕地可能因氣候變遷、遭遇天然災害等發生變化，有些可能因官方為建設，導致濕地變更或消失，主管機關不應一開始就談廢止。就算濕地遭破壞，也應先想辦法復育。
內政部長李鴻源表示，法律完整性有必要，如果外界擔心地方政府為開發，隨便廢止濕地，可由中央政府抓住廢止權限。
另外，濕地定義各方意見不一，林淑芬表示，應與國際接軌，包括水深在低潮時不超過6公尺的海域。不過，行政院農業委員會漁業署說，這項規定會影響沿岸漁民的作業海域與權益。
會議主席、民進黨籍立法委員姚文智表示，由於行政與立法部門意見不一，請行政部門與立委溝通後再討論。