現行大學評鑑由教育部委託高等教育評鑑中心執行，歷來爭議不斷，中央研究院院士林毓生今年7月便在院士會議批評，評鑑制度嚴重干擾學術自由，獲得廣泛響應。
因應各界批評，教育部考慮將大學評鑑，逐步由外評改為自評，明年起先從「邁向頂尖大學計畫」及「獎勵大學教學卓越計畫」參與的34所大學開始試辦，由學校依發展特色訂出「自我評鑑機制」，之後再依認可的機制進行評鑑，將結果送交教育部認定。
但改成自評後，是否就能避免現行評鑑的流弊？台灣大學前教務長、食品科技所教授蔣丙煌便指出，台大是最早展開「自評」的學校之一，但一開始各系找來的評鑑委員，幾乎都在為系上講話，鮮少指出關鍵缺失。要說有提到缺點，大都是「缺人、缺錢、缺空間」，希望校方多給些資源。
大學入學考試中心主任、世新大學前校長牟宗燦表示，不管是外評還是自評，都不能「自掃門前雪」，過程必須納入外部意見，一同激盪，才能找出學校不足的地方。
牟宗燦說，大學設定自評目標，必須認真考量本身的條件和資源、辦學特色，不能把高教評鑑中心訂定的指標照單全收，例如國際化、產學合作，對一些學校很重要，對一些學校來說，則不是重點。
政治大學校長吳思華今天在公企中心主持「高等教育評鑑論壇」，休息時間受訪表示，政大已經在試辦自評，他都告訴院系，要勇敢地建立一套適合自身的教學評量方法，「中文系和電機系的指標，當然不會一樣。」必須告訴社會大眾，老師到底在教什麼，學生有沒有學會。
吳思華表示，其實很多學校都沒有自評的經驗，「這些不是我們原本就會的」，他希望高等教育評鑑中心提供「典範」，讓各校有所依循。
雲林科技大學校長楊永斌建議教育部，乾脆讓大學自己決定要不要接受評鑑。他相信一直拒絕「健康檢查」的學校，自然會讓民眾失去信心，造成招生困難，自然被市場淘汰。
前教育部長、中國醫藥大學校長黃榮村表示，現在的外評機制，大學一直罵教育部，改成自評後，教育部一定還是會被罵，只是換成被立法院罵，覺得教育部沒有盡到監督責任。
黃榮村說，教育部一定要「放手」，寧願被罵也要建立自評制度，才能協助學校不斷改進。
大學評鑑一直備受爭議，尤其第一線教師反彈最大，總是認為「勞民傷財」。但對家長、學生、一般社會大眾來說，亟需一個公正中立管道，瞭解各校的辦學績效，而不是被迫相信學校的宣傳廣告。
未來改為自評，除了過程必須納入更多公正人士的意見，避免流於「擦脂抹粉」、「自我感覺良好」，評鑑結果也該比照現行制度，公諸於世，讓社會一同來檢視。畢竟作為高等教育的「消費者」，民眾有權知道自己付出的稅金和學費，到底有沒有用到正確的地方。