經建會將結合台灣產業、人文、地理位置等優勢條件，於「自由經濟示範區」內發展亞太產業創新整合、新世代國際物流、國際人才培訓、亞洲重症與觀光醫療、農產品加值運銷等五大中心，並進一步推動台灣成為「亞太自由經貿中心」。
由於台灣醫療水準具國際口碑，適合國際人士來台進行重症醫療、健檢美容等項目，有條件成為亞洲國際醫療重鎮。據了解，經建會希望以特別法排除醫療法限制，讓在示範區內的國際醫療機構可以以公司化經營。
在國際物流中心方面，則計劃比照自貿港區條例，凡進駐區內企業進行儲存或簡易加工，9成貨物必須出口外銷，但廠商國內外銷售總額10%的貨品可輸往台灣島內，並可享受免徵營所稅優惠，以吸引國際物流業者進駐。
自由經濟示範區將對區內人流、物流、金流「鬆綁極大化」，具境內關外概念，待行政院定案後，經建會將盡快完成特別法的草擬，以排除其他法令適用，希望在立法院下個會期送審，並列為優先法案。目前除了高雄確定優先推動「自由經濟示範區」外，其他地點將在法案通過後由中央規劃辦理。