台肥於花蓮廠區開發海洋深層水，並與名牌食品公司合資，成立台灣海洋深層水公司，盼藉由其悅氏礦泉水成功行銷經驗，帶動海洋深層水銷量。
台肥指出，因海洋深層水公司尚處創立期間，為擴展市場占有率、提高產品附加價值，投入高額研發及行銷費用後，致使經營出現赤字。
台肥表示，由於台灣海洋深層水公司連續虧損，台肥盼買下名牌食品持股，完全主導經營，期轉虧為盈。今天兩家公司簽訂股權轉讓協議書，台肥取得名牌食品公司所持有「台灣海洋深層水公司」50%全部股權。
台灣海洋深層水公司係台灣肥料公司與名牌食品公司各出資50%，於民國95年9月成立，廠址位於台灣肥料公司之花蓮海洋渡假園區，主要從事包裝飲用水、深海鹽、微量元素、礦物質原料以及美妝、保健等海洋深層水相關產品生產銷售事宜。
基於股權策略，以及未來發展潛在利益考量，台肥收購股權後，將取得台灣海洋深層水公司100%控制權、決策權，配合政府政策，推動海洋深層水成為藍金產業，透過全方位業務整合，以強化經營體質，優化資源配置。