依動物園目前所提出的「台北水族館新建之工程規劃案」，規劃中的「台北水族館」，未來將包括橫跨三個樓層的大型「水族館」，在貫徹三層樓的大洋缸中設置透明電扶梯，讓遊客體驗海洋世界環繞四周的景象；另有結合企鵝、海獺及海獅等水生動物的「亮點動物館」、「鯨豚救傷中心」、「溪流復育中心」及另設有大型水族箱的「特色觀光旅館」等，共佔地三萬六千多平方公尺。
台北市議員李慶元說，根據園方的期初報告及口頭報告，水族館興建經費約卅一億元，目前因受二○一七年世大運排擠，最快要到二○一六年才會有預算、等於四年後才有機會動工，未來實際完工後，初估每年的管理維護費用要花四至五億元，宛如一個「超大錢坑」。
對此，動物園發言人趙明杰表示，台北水族館目前僅完成初步規劃，最終的版本預計明年才會完成，未來結合捷運環狀線的終點及貓纜，希望能串連周邊景點，帶動地方發展。
李慶元表示，他已遊說選區議員，在預算協商時，刪除該筆拆除預算，園外服務中心現有空間，稍加整理「拉皮」，即可交由北捷公司規劃經營，朝大型賣場或遊憩空間規劃，提供搭乘貓纜或動物園遊客因天候無法進場時，可就近消費。