膽道癌的治療以手術是最佳的治療方式，然而因大多較晚期才發現，僅有約二到三成的病人可以接受根除性的手術治療，預後在惡性腫瘤中是算是較差的。至於手術的方式則看腫瘤的位置而有所不同，包括: 膽囊切除，總膽管切除，肝門區淋巴腺清除，有時甚至須做肝葉的切除，最後還須做膽道的重建，即肝門區膽道系統與腸道吻合手術。在手術後，病患尚須考慮化學治療與放射治療，以減低腫瘤復發率。市立醫院外科部主任趙瑞和表示,針對此困難處理的癌症，以醫治消化系統疾病著稱的台南市立醫院，以多科整合的方式來治療病患，除了有檢查儀器外，更有完整的腸胃內科，放射診斷科，及具有肝膽胰手術經驗的消化系外科醫師，術後亦有腫瘤科醫師接續給予適當的癌症輔助治療，以達最佳的治療預後。