隨著兩岸交流的日益廣泛與加深，更深層次的兩岸互信問題也開始引起討論。上海台灣研究所與上海東亞研究所今天主辦「兩岸民間互信論壇」，章念馳在會中作了以上表示。
章念馳說，兩岸目前最大問題與危機就是互信不足。互信不足主要是因為長期的隔絕與分離，缺乏共同歷史記憶與核心價值。
他表示，再加上一些人為因素，讓有些台灣民眾產生「反中」意識，彼此形成完全不同的價值觀，導致雙方不能融和。
在這樣情況下，章念馳說，兩岸互信不足，不讓人意外。
章念馳表示，2008年兩岸「三通」帶來的大交流，目前為止並未帶來更多認同，反而讓不認同指數升高，有人因此否認定交流的意義，「但是我不這麼看」。
他認為，認同需要很長時間。兩岸目前需要建立共同的經歷，而且彼此需要「把門打得更開」，互信才會增加與成長。
章念馳相信，「三通」以後，兩岸的互信會發生根本性變化，但是需要時間。
他說：「如果30年後再來看，一定會發現兩岸互信發生根本性的變化。」
上海東亞研究所是中國大陸涉台研究的重要學術機構，章念馳曾任已故大陸海峽兩岸關係協會會汪道涵的智囊，著有「兩岸關係與中國前途」、「兩岸關係與中國崛起」等相關書籍。