行刑前，黃賢正向檢方交代遺言，強調自己做錯了，相當後悔，對不起父親，也要阿母不要傷心、難過。
台南看守所昨天下午四點半左右接到地檢署的槍決通知，著手準備行刑的相關作業，五點多，黃賢正與所有收容人一如往常前往餐廳吃晚餐。
五點四十五分，台南地檢署執行科人員抵達台南看守所，六時許，戒護科向黃賢正傳達執行死刑的通知，隨後將他上手銬腳鐐帶至刑場。面對槍決，黃賢正很平靜，在刑場時，台南監獄還是準備了死囚的最後一餐，整盤的滷菜以及小瓶高粱酒，但他並未飲用。
黃賢正後來只喝幾口水、抽了一根菸，並向檢方交代遺言，接著依照行刑的相關規定，他被進行麻醉，等候槍決；有兩名法警各持一把裝有滅音器的短槍到場，由其中一人當「劊子手」，另一人的槍枝則是備槍。
六點半許執行槍決，黃賢正趴著，法警從後方朝心臟位置開槍，扣了三次扳機都無法擊發，槍枝調整後，第四次順利擊發，再開出第二槍之後，才確認死亡，行刑後由台南監獄通知家屬。