教育部中教司長張明文指出，基礎科學人才必須向下扎根，因此，高中科學班從九十八學年度開始設立，學生在高二上完高中三年課程，高三前往合作的大學修課、做實驗，已開辦四屆，累計超過八百人。
不過，根據教育部的檢討報告，今年畢業的高中科學班學生共一四五人，只有三六人就讀基礎科學，僅占整體的二十四％，與當時設立目標有很大落差。
部分高中老師分析，一些學生參加科學班是為了在高中前兩年上完高中課程，剩下一年專心準備學測或指考，根本無意從事基礎科學研究。此外，雖然教育部鼓勵科學班學生就讀基礎科學，但沒有直接保障升大學的管道，學生仍必須各憑本事，如果自主選擇醫科或電機等熱門科系，校方雖不樂見，也只能接受。有鑑於此，教育部將修法針對科學班學生設立單獨的招生管道，讓學生升高三時，只要通過資格考，就可直升大學，但附帶條件是只能就讀大學的基礎科學相關科系，如果想念電機或醫科，必須放棄直升。
張明文表示，教育部規劃先修《大學法》，再訂定辦法，最快一○三學年度配合十二年國教上路實施，但只有新生適用，舊生不受影響。他也強調，為了管控品質，將凍結新設科學班，未來科學班學生人數「只會少不會多」。