前總統陳水扁涉及二次金改案，最高法院20日針對元大併復華案(元大京華證券合併復華金融控股公司)部分，確定陳水扁及妻子吳淑珍收受新台幣2億元賄賂，觸犯貪汙治罪條例，陳水扁被判處有期徒刑10年，併科罰金1億元，禠奪公權8年；吳淑珍則改判有期徒刑8年，併科罰金8,000萬元，褫奪公權7年。此外，共同貪汙犯罪所得的2億元，都必須追繳沒收。
最高法院認為，陳水扁夫婦觸犯貪汙治罪條例違背職務上行為收受賄賂罪，並採用「實質影響力說」，與北院一審採取的「法定職權說」不同。最高法院發言人花滿堂說：『(原音)總統對於行政院各部會的重大決策，如果參與的話，實質上有非常大的影響力，尤其財經政策，如果總統參與其內的話，是具有決定權的，這個實質影響力跟總統職務有密切關係，並不以憲法增修條文所規定的為限，因此二次金改的事項還是屬於總統的職權，也是他職務上的行為。』
此外，二次金改案中的國泰併世華(國泰金融控股合併世華聯合商業銀行)案，陳水扁和前總統府副祕書長馬永成共同收受賄賂部分，以及扁家陳水扁、吳淑珍、陳致中、黃睿靚的共同洗錢部分，最高法院則都發回高等法院重新審理。