浸水營古道早年為原住民與漢人間貿易的通道，也是平埔族馬卡道人移居台東的要道，清代受「牡丹社事件」影響，清廷開山撫番，派遣兵工開闢越嶺道，日治時期為了鎮壓排灣族而修築為理番道路，因道路的最高警備點為「浸水營」，因而稱為「浸水營越嶺道」。
原古道以枋寮鄉玉泉（石頭營）為起點，經崁頭營、歸化門、浸水營、出水坡、姑仔崙社至台東大武，古道早年為貿易的通道，也是平埔族馬卡道人移居台東的要道，清光緒8年，由三條崙石頭營的屯軍負責古道防務，因此稱為「三條崙道」，原本是卑南族、排灣族聯絡南台灣東西兩岸的社路，又稱為卑南道。。
清治時期入口由枋寮歸崇村一帶向東南緩上至三條崙，再接上大漢林道檢查哨日治時期古道則向南移，由枋寮新開村新開苗圃附近進入修整後的浸水營古道，步行約2.5K與大漢林道5K交會，至23.6K在大樹林一帶，與現今的浸水營國家步道相接進入東段。
古道前段仍留有許多遺跡，水底寮的領路頭石碑，是日人於1901年所立，至大武的行旅會來此祭拜，而聖蹟亭為清兵屯軍石頭營時，教化原住民敬重文字所建，以及天台宮旁的清代崁頭營原址，以及日警駐在所。
在大漢林道7.4K、14K、及20.1K處分別有歸化門、六儀社、大樹前營盤及大樹林駐在所遺址，進入古道後，沿途有「浸水營駐在所」、「出水坡駐在所」、「出水坡神社」、「木炭窯」、「新姑仔崙駐在所」、「清代溪底營盤址」、「姑仔崙吊橋」等殘垣遺跡。
直到2004年，台東林管處於此整建古道才讓它重現世人眼前，在靠近步道東端終點，進入茶茶牙頓溪溪谷後，林相漸轉為開闊，長穗木、香澤蘭等蜜源植物吸引群蝶終年飛舞。
受地形影響，每年冬季常吸引數以萬計的紫斑蝶在此聚集越冬，以斯氏紫斑蝶的數量最多，其次為小紫斑蝶、小紋青斑蝶及圓翅紫斑蝶，每遇低溫或陰雨天氣，常成群棲息於林下，景象相當壯觀。