金門燕南山因宋朝大儒朱熹興建「燕南書院」而聞名，又稱太文山或太文巖，與太武山對望，燕南書院可能在元朝圮毀。
金門縣誌記載，太文巖寺於明朝末年在燕南書院舊址興建，主要奉祀清水真人，原為三進大殿堂，清朝第三進曾闢為「燕南山書院」，對教化人心甚多貢獻，與太武山海印寺、田浦城隍廟、金城南門香蓮廟、庵前恩主公廟並稱金門5大名廟。
太文巖寺在清朝光緒5年重修，俗稱燕南官，民國16年曾重新翻建。
金門自古文風鼎盛，人文薈萃，有「海濱鄒魯」美譽。燕南書院是金門最早的文教聖地，民國81年11月戰地政務終止，古區村民建議復建書院。
縣府籌組重建委員會，土地由古區村陳氏宗親會提供，由行政院文建會補助經費，民國97年12月動工重建書院，去年9月完工，同年12月完成驗收，恢復明代金門名寺與書院的風采。聯外道路土地爭議，經縣協調後解決，書院才正式啟用。
重建後的燕南山書院占地2000多平方公尺，為三進建築，中間是太文巖寺，後進為朱子祠，四周為書院。
書院附近的雷達站營區整修後，設置古文物展示櫥窗，將展示收藏古文物，將連結燕南書院與太文巖寺，提升環境品質，打造地區觀光新景點，帶動地區觀光旅遊事業。1011218
（中央社記者陳守國金門攝 101年12月18日）