「燕南書院」在九十四年起，首先委請中國科技大學作成《金門縣燕南山書院（含清水祖師廟）興建計畫之復建評估研究調查計畫書》，確認了燕南書院的文化資產價值。九十六年公開評選後由黃友良建築師設計，建華營造廠承作，將燕南書院與鄰近環境整體考證復原，將完工啟用。
位在金門千戶所城北門外太文山的燕南書院，是金門地方古籍《滄海瑣錄》書上明白記錄著的一所宋代書院，且是朱熹任同安主簿時採風島上，以禮導民而立的書院。基於維護歷史文化之立場，也為過去在戰事中被破壞的民間文化資產作補救，故燕南書院與太文巖寺之重建，對金門深具歷史文化意義。
燕南書院暨太文巖寺位於金城鎮古區村莊附近，邀請地方民眾來燕南書院組成志工團隊，一起為社區的發展提供心力將地方「廟宇」與「燕南書院」做一個資源連結，共同制定出具備規模的民俗活動，例如有神明交陪(閩南語)等宗教活動及慶典，擴大燕南書院發展的可能性。
2012年末金門盛事—燕南書院將於12月25日10時開館啟用，從「歡歡喜喜入厝、太文巖祖師爺開光安座」系列展演活動開始、緊接著在廣場展出祥獅獻瑞（古城國小舞獅）、鑼鼓喧天（古城國小鼓陣）、酬神舞、手語歌舞等表演熱鬧入厝迎賓。