民進黨政策會執行長吳釗燮出席台北會談閉幕式時指出，新版護照風波、大陸政府對達賴喇嘛在八八風災後擬為台灣祈福惡言相向、台灣參與國際民間活動「中國政府一個也沒有放過」、「有些甚至還搶旗子、飆髒話、搞哭台灣的小朋友」，都傷害兩岸互信。
他說，大陸這些作法不但沒有辦法改變台灣人民選總統、選國會、台灣政府發新台幣、發護照、發簽證、在領土範圍內行使排他性管轄權等主權與國家獨立存在事實，還強化「台灣未來只有台灣人民能夠決定」的內部共識，「也強化台灣人民對中國的反感」。
針對吳釗燮發言，中國社會科學院台灣研究所所長余克禮在閉幕式上回應，這些問題「以前是講得很多，現在愈來愈少」。
他並稱，大陸沒有迴避前述問題且「一直想解決這些問題」，例如台灣一直很介意飛彈問題，大陸就提出建立軍事互信機制，對國際空間問題也是一直持開放態度，希望協商解決；如果兩岸互信不足，「根本問題上不能達成共識，解決起來就比較困難一點」。
上海台灣研究所常務副所長倪永杰會後受訪表示，「他（吳釗燮）選擇的一些數字是部分的數字，沒有全面數字」，強調兩岸關係4年有進展，台人認為大陸友善者比例應上升，不友善比例應該下降。
至於飛彈問題，倪永杰說，大陸軍事部署要捍衛國家主權，「導彈不是對台灣同胞的，中國人不會用導彈對同胞，但如果你要搞台獨，就變成外國，13億的中國人不會答應，不搞台獨就沒有安全上的威脅。」