金門馬拉松分為全程馬拉松42.195公里、半程馬拉松21.0975公里、11.2公里路跑組及5公里休閒組，除休閒組在比賽當天前受理報名外，其餘3組5日上午9時起受理網路報名，當天下午3時左右1700個名額就額滿。
縣府教育局表示，競賽組報名名額限制主要是考量金門交通與住宿條件受限，5日有7500多人上網報名，其中1700人上網完成報名繳費。報名第2天就接到很多電話抱怨，如一個團隊60人中有半數完成11.2公里路跑組報名，另半數未完成繳費而無法報名。
縣府教育局表示，將考量金門交通、住宿等問題後開放全馬、半馬一定名額給金門民眾，以及兩岸各10所大學每所5名學生報名。這項開放報名名額以不影響金門交通、住宿為前提。