近年許多國營事業績效獎金決算數幾乎都遠高於預算數。立法院預算中心一○二年度審計部預算評估報告指出，經濟部主管的台糖、中油、台電、台灣自來水公司、漢翔航空；財政部主管的中國輸出入銀行、印刷廠；交通部主管的中華電信、基隆及台中、高雄、花蓮港務局、桃園機場公司；勞委會主管的勞保局；金管會主管的中央存保公司，過去都發生過決算員額變少，績效獎金決算金額卻增加的情形。
其中，台電、中油、台水、中國輸出入銀行，甚至以「虧損不能發放績效獎金」為由，未編列績效獎金預算，待年底再直接以「併決算」方式辦理，讓立院無從審查。由於依法決算審定權在審計部，立院審查決算時，無法減列其金額。
預算中心評估報告指出，「併決算」必須是配合業務增減需要而隨同調整收支，執行彈性不宜擴張解釋為營業基金得低編預算，藉以規避審議。審計部負有考核財務效能、審核財務收支、審定決算、注意決算之不當情事等的法定職責，對各機關違背法令或預算之不當支出，具有事前拒簽或事後剔除追繳之權，所以國營事業績效獎金不應授權由行政機關自行審定。
審計部主秘李順保昨表示，因應產業變化，營業基金運作有其彈性，裁量權在主管機關，所以績效獎金要怎麼發，只有主管機關有審查權，就算同意其借支，也屬其財務調度，由主管機關負全責；除非發放不符規定，否則審計部無權減列其績效獎金數額，立法院若有意見，建議可直接以修法明訂發放條件、標準，或做成「不得併決算辦理」等主決議方式予規範。