五都改制後，資源分配不均問題不斷浮上檯面。立法院預算中心報告指出，台灣「大都小縣」的情況非常嚴重，全國二十四家重度急救責任醫院中，有十九家醫院就集中於五都；台北市交通經費高達一千多億元，但花蓮僅有十億元。另外，五都區域內部也有資源不均，「富都窮區」的現象。
除了直轄市與其他縣市的分配問題外，大高雄與即將升格的桃園也是滿腹委屈，昨日在縣市改制兩周年研討會上，地方政府代表皆出席，幾乎無人不喊窮，高雄市政府副祕書長陳鴻益更開炮指中央老批評高雄依賴中央資源，但營業稅所占中央統籌分配比例高，如中油開設在台北，汙染工廠卻開在高雄，分配款全算在首都身上，這樣當然不公平。
桃園縣在這次新版修正草案中，因升格獲得更多中央資源與舉債空間，但黃宏斌昨日出席研討會時，仍忍不住抱怨桃園縣長年資源獲配不公。他指出，桃園縣的創稅能力排名全國第二，工業產值九年來全國第一，但統籌分配款卻永遠是倒數第二，只贏彰化縣而已。
事實上，地方政府代表怨言其來有自。根據立法院預算中心評估報告指出，目前政院版修法規劃，《財劃法》修正後增加財源並不足以應付地方財政所需，以一百年度計算，五都加上桃園縣，增加二○一億元，其他縣市僅增九十一億元。