國內航空票價受管制，民航局核定票價上下限，由業者在一定範圍內訂定票價。
根據民航局資料，國內航空票價上一次調整是在民國93年，當時油價每公升約新台幣14元，現在油價已是2倍多，業者面臨很大成本壓力。
民航局委託學界制訂新油價公式，並邀請專家審查，確定新票價公式合理。民航局試算結果，票價上下限都比現在提高。
不過，民航局官員說，公式雖合理，但票價調整還要考量民眾接受程度，票價上漲是趨勢，但應不會完全反映在票價上，將以其他方式壓低幅度，至於壓低幅度有多大，民航局還未確定。
民航局希望明年初將國內航空票價方案呈報交通部並實施，但確定農曆年前不會調漲。
民航局考慮各種壓低國內航空票價漲幅的方式，主要是政府及業者各吸收一部分，降低業者機場使用費。
民航局還希望仿照客運業油價補貼方式，由中油吸收部分油價，但評估可行性不大。也曾希望由民航作業基金補助，但有國際線補助國內航線嫌疑，恐遭控告，加上涉及修法，可能行不通。
國內航線現在以離島為主，本島的只剩台北、台中往來花蓮、台北往來台東及恆春。