美方懷疑這起偷渡案，可能也有華航人員涉案，仍在調查是否有其他共犯，同時追查人蛇集團如何安排偷渡客經由這一管道偷渡美國。華航則否認有人員涉案，僅表示係美國海關通知有一大陸籍旅客證件不符，要求華航協助防杜人蛇偷渡並配合調查，而類似事件其他陸籍航空公司也曾發生。
由於案發時間在十月底，十一月一日是美國開放台灣免簽的日子，移民署將此案視為保密案件，要求所有經手機關三緘其口，避免美國免簽橫生枝節。
相關人士表示，搭載大陸偷渡客的華航班機，先由上海浦東機場飛到桃園機場下客後，再載客前往舊金山；由於並非每架華航由上海來台的班機，都會再飛美國，因此偷渡客怎會知道要搭乘這一班機？令人存疑！
此外，偷渡客是如何在桃園落地前，躲入電氣間，避免被航警清艙查獲？又是如何穿越飛機隔板，又是一團疑問，人蛇是否有高人指點，是美方目前調查的重點。
華航已將安全單位主管調職，稱只是人事大調動，恰巧有這名主管在內而已，與大陸偷渡客事件無關。