更引人非議的，還有這些財團法人的人事任命，不少都淪於酬庸性質。立法院預算中心評估報告直指，財團法人的董事長、總經理、執行長或高階經理等職位，常由主管機關退休官員轉任，且領取高薪，有酬庸及利用職權之嫌，不符公平正義，社會觀感不佳。
其中，經濟部主管的「台灣機電工程服務社」，其高階主管清一色是台電公司退休人員轉任；「台灣大電力研試中心」的會計處長，則是台電公司退休的會計經理，人力流通幾近「暢行無阻」；石材研發中心更離譜，員工總數才六十三人，董監事卻有廿七人。
立法院近來正在審查各部會的預算，替人民荷包把關。然而，卻有許多政府設立的財團法人，接受政府經費補助，連年成效不彰，卻未受到確實的監督，引發浪費公帑的質疑。
評估報告直指，近四年來，交通部所主管的財團法人，斥資逾一.七四億元投入研發，而ＮＣＣ也投注了八千三百多萬元；然而，截至上個年度為止，國內外的專利獲得和專利應用件數竟連年掛零，毫無任何促進投資的金額和產值。
此外，經濟部所主管的財團法人中，則以「金屬工業研發中心」和「生技中心」兩者的「成績單」最為「吸睛」，它們的設置目的是研發、推廣、促進產業升級，但投資報酬率之低令人咋舌；四年來，政府在這兩個中心總共投入四.六億餘元研發經費，卻僅促成三千萬元的廠商投資或委託案。
同樣是經濟部主管的財團法人「船舶暨海洋研發中心」及「車輛研測中心」，近四年也花了共五千多萬元的研發經費；然而，其所促成投資案、委託案和工業服務也是全數掛零，花了四年時間，各只有一件技術及專利移轉案，帶來共八百萬元的收入，帳面和績效都十分難看。