為確保住戶權益，草案刪除多數決協議合建及政府可代為強制徵收的規定，改為若協議合建無法獲全數住戶同意，可採「權利變換」方式辦理，在跨越住戶五分之四的同意門檻後，經法院判決拆除的釘子戶，在都更後將予「原地換屋」，既保障釘子戶原地居住的權益，也避免都更計畫因住戶惡意哄抬條件而無法進行。
草案大幅提高都更門檻，其中都更事業概要同意門檻（都更提案門檻）部分，住戶自行劃定申請者，由私有土地、建物面積及所有權人的十分之一，提高為十分之三，建商主導者更須達到十分之五。
協議合建 須全數同意
都更事業計畫同意門檻（都更執行門檻）部分，依地區不同，由目前住戶的二分之一到十分之八，提高為三分之二到十分之九；其中迅行劃定地區提高至三分之二、優先劃定地區提高至四分之三、民間自行劃定提高至五分之四、例外規定提高至十分之九。
都更實施方式有二種，一是協議合建、一是權利變換。現行協議合建採多數決，五分之四同意就可採協議合建，對於少數不同意合建協議的地主得由主管機關強制徵收，因恐有違憲之虞，修正草案予以刪除。未來協議合建必須住戶全數同意，否則須改採權利變換，經五分之四以上住戶同意，對不同意協議合建者，強制在都更後給予原地換屋，或選擇等值現金。
但透過權利變換的都更案，逾期未能自行拆除者，不論是政府或民間主導的都更案，必須經過一定的程序，先進行雙方協調、主管機關調處，調處不成再送司法機關裁判等程序後，主管機關才能夠代為拆遷。
此外，地主退出必須有條件，若分配權利價值沒有少於原來條件，不得任意撤銷同意書，以避免有人惡意扮演攪局的釘子戶，影響都更進行。