二代健保實施後，將對兼職所得等6類收入收取2%補充保費，衛生署估計，將有300萬人的健保保費會增加，大約8成民眾保費負擔會減少。
衛生署健保小組副召集人曲同光說，為了照顧弱勢，包括在校無專職工作的大專生、中低收入戶、中低收入老人、領取身障者生活補助族群、未達勞保投保薪資下限者，只要單筆兼職所得，未達基本工資新台幣1萬8780元，就不必扣繳兼職所得補充保費。
衛生署指出，如果補充保費真的收不夠，二代健保實施後，政府部門分攤的健保費用比重從現行的33.6%提高到36%，將增加148億元，能填補不足。
據衛生署估算，現制費率為5.17%時，一般保費年收入為4771億元，二代健保實施，一般保費費率若4.91%，保費收入將會減少208億元，但是另收補充保費，可以財務平衡維持到民國105年底。