二○○八年國內依《漁業法》禁止捕撈鯨鯊，漁民不得將誤捕的鯨鯊帶上岸；若鯨鯊闖入定置魚網，必須通報並配合標識放流，每尾可領三萬元，否則最高可處七萬五千元罰鍰。漁業署表示，鯨鯊是歷經十年研究，確認捕撈造成鯨殺數量降低，與全台漁民溝通後才禁捕。
台灣動物社會研究會主任陳玉敏表示，大白鯊、姥鯊與鯨鯊同屬CITES附錄二的易危、應保護物種，巨口鯊從一九七六年至今全球捕獲量僅五十四尾，更為稀少。
她說，台東漁船宰殺大白鯊母體當天，鯊魚寶寶從子宮流出，在地上滑來滑去被踩踏。後來九隻寶寶送往海大研究，只有兩隻屍骨完整。
海洋大學環境生物與漁業科學系主任莊守正說，鯊魚寶寶僅二十公分，身體軟軟的呈粉紅色，已有鯊魚形狀，但還是早期胚胎。Congratulafin’s護鯊組織代表蘇珊慧痛批，大白鯊十四歲才能受孕，懷胎兩到三年才能生出二到十四隻鯊魚寶寶，在台灣卻連出生的機會都沒有。
「台灣沒必要為這點經濟利益，背負野生動物殺手罪名。」莊守正認為，十年前鯨鯊年產值三千萬，為了禁捕耗時多年研究溝通。但台灣每年捕獲大白鯊的數量，一隻手就能數完，經濟效益有限、禁捕相對容易。「否則媒體報導上網，全世界都知道台灣殺死CITES附錄二保護的大白鯊。」
漁業署長沙志一回應，大白鯊現在已有CETIS附錄二限制出口，當前最重要的是研究為何今年出現頻率提高，漁民該如何利用則是其次。