陳保基重申，農業委員會要以「樂活農業」為施政主軸，讓台灣農業年輕化、高競爭力，且所得穩定。
依據農委會101年預算概況資料顯示，農委會福利及各項補貼合計新台幣844億元、占總預算數的63%，其中老農津貼511億元、糧政及休耕補助197億元等，看得出都是補貼政策。
他強調，農業未來要提升競爭力，要推動跨領域合作，不能再以耕作、農產品當農業發展的主軸，要將人、地、產業聯結起來，還要跨足高科技業跟服務業發展農業，並以台灣為品牌行銷；否則加工品都歸經濟部主管，農業永遠會面臨價格高漲、跌低時受抨擊的問題。
因應氣候變遷，他說，將以32%的糧食自給率為基礎，並自明（2013）年起活化休耕地，種植進口替代作物，減少進口依賴。
兩岸貿易發展方面，他主張三項原則，包含農產貿易以「互補」為原則，可從中國大陸進口台灣較缺乏的原料及中藥材，中國大陸可進口台灣高級漁產品、園特產品及加工食品。
其次是農業投資以「互利」為原則，台灣可帶給中國大陸農業資金、技術、品種及管理方面的好處，台灣可善用中國大陸的廉價原料、人力，作為進軍國際市場的跳板。
第三是技術合作以「互惠」為原則，台灣在熱帶及亞熱帶農業科技與管理技術方面領先中國大陸，中國大陸則在種原的存量方面占有優勢，可透過互惠方式辦理交流合作。