奧萬大生態教室原位於楓林步道2.0k處，萬大溪旁，具有奧萬大生態環境、動植物資源、無痕山林等互動式解說教育設施。惟98年8月莫拉克颱風帶來驚人的雨量，除全台各地災情不斷，本處生態教室臨萬大溪側之基礎及平台亦遭沖毀，遂進行拆遷重建的計畫。經審慎研議決定於奧萬大園區核心，臨生態池旁之林間新建此生態教室。
南投林管處處長劉福成表示：奧萬大生態教室建築規劃設計皆以「與環境對話」的角度出發，並融入自然教育中心課程，硬體建築具備節能省電、減碳及木構造等融入，符合綠建築7大指標，因此獲得「內政部黃金級綠建築認證」；自然教育中心的軟體服務也獲得「行政院國家永續發展獎」及環保署「環境教育設施場所認證」，這些肯定今天要藉由展館的開放與大家分享榮耀，也邀請大家一起走進豐富的奧萬大森林。