現階段改版後的不動產交易實價查詢服務網，交易單價、交易總價、建物區段門牌均由文字改為圖檔，不利民眾查詢下載，評估分析之用，但對此，內政部回應，此舉是為了防止有人以程式大量截取資料，造成頻寬運作困難。
此外，使用介面有使用8分鐘或查詢10次須重新關閉瀏覽器再行登錄的規定，對於短期內頻繁使用的網路使用者，則採取強制停止查詢5分鐘限制，也造成部分民眾抱怨。
而原先10月可查詢到的案件，也出現11月反而查詢不到的現象，如信義區4000萬以上辦公商業大樓，10月公開時有一件，第2波公開後返回查詢，卻找不到資料，房仲業者推估，可能是錯誤申報而後修正資料。
再者，車位未拆算的問題，在資訊公佈比例越來越高的趨勢下，越形明顯，各都地政局登錄資訊出現不統一現象，例如有些區域建物移轉總面積是包含車位，但有些區域卻是扣除車位，導致該區域扣除車位的價格比政府公布的資訊還低。
永慶房產集團研究發展中心經理黃舒衛表示，目前實價登錄揭露，無論是登錄方式，或系統產生的疏漏或誤導，雖會短暫造成市場觀望，但只要有持續改善的決心，相信市場邁向健康之路，建議消費者博採各方價格資訊、交叉進行比對，並與一線專業人員溝通，才能判斷物件正確價格。