台北市都市發展局專門委員劉秀玲指出，市府原則上不贊成保護區變更，但是慈濟內湖園區在九二一地震及多次北市的颱風豪雨災害發生時，發揮緊急應變中心及救災的功能，因此市府願意協助慈濟提變更案，但能不能通過，仍要經北市與內政部兩級都委會通過。
慈濟內湖園區最早是大湖的回填土地，早期曾經營過俱樂部，後來成為公車的停車場，再賣給慈濟使用，八十六年慈濟規劃在當地建婦幼醫院，不僅衛生單位認內湖醫院已飽和不同意，且環評也未通過，慈濟雖以公益聞名，但要因此將低價保護區變更為高價的醫療用地，也不為民眾接受，再加上幾次颱風大淹水，該地再開發恐影響滯洪功能，所以歷經前市長陳水扁和馬英九都無法變更完成。九十九年慈濟改申建社會福利專區，在市都委會審查時，仍遭環保團體質疑與反對。
環保團體和地方人士擔心慈濟在當地改建大樓，將會造成後方山區排洪受阻，該地點為「順向坡、回填湖區、谷地集水區」等特殊地質條件，是當地水系排洪的吞吐要地，若變更開發，將對周圍的生態環境、水土保持、自然景觀造成衝擊。
市都委會由於反對聲浪太強，要求慈濟要多舉辦說明會與社區民眾交換意見，慈濟也承諾會站在對環保好、對社區好的基礎上，持續與社區溝通。