林益世昨當庭大聲質疑，檢方賴以指控他索賄的錄音帶，恐怕經過剪輯，講的話不是全貌。
知情人士表示，陳啟祥為了保護共犯，將錄音檔的某部分消音，更可能剪輯對話，特偵組卻全盤接受，沒有細查，未來若證實錄音帶經過變造，案情恐將逆轉。
此外，法界人士分析，沈若蘭自稱當初把一千八百萬元贓款，分裝成五包放入塑膠袋，並用磚頭捆起來，藏放在住處後方魚池，她撈起濕答答的錢交給特偵組。檢方雖然認為辯詞荒謬，查扣金額甚至超過貪污金額，充滿矛盾，起訴書裡卻依據沈若蘭的說詞，照單全收。
而最奇怪的是，沈若蘭自稱在住處用金爐燒掉九十五萬美元，特偵組僅憑刑事鑑定確認金爐裡有美元灰燼，只能相信她的說辭，無法查出其他共犯或確定金流。
對以上種種疑點，特偵組表示，陳啟祥有意保護中間人陳蓮珠及郭人才，才找人把錄音內容提到兩人名字部分刪除，檢方後來還原所有談話內容，陳啟祥坦承此事。
檢方認為林益世索賄談話並未遭到竄改，林益世在筆錄上也承認向陳啟祥拿到六千三百萬元，後來也有開口要八千三百萬元，有部分錄音被消音，不影響事實認定；而當初沈若蘭自稱燒毀九十五萬美元，檢方也要求追繳，絕不姑息。