至於補償金來源，衛生署長邱文達表示，草案建構醫療補償基金，未來將比照歐美國家，由政府支出最大比例的費用，其餘則是醫療院所、醫師等。
衛生署副署長林奏延補充，醫療補償基金每年約需100億，基金來源將包含醫療機構、醫事人員、政府預算、公益彩券與菸品健康捐等，其中，政府負擔比例可能最高，但不超過三分之二。
對此，在野黨立委紛紛上台批判，台聯黨立委林世嘉強調，血汗醫院是造成醫療糾紛的一大主因，一旦發生醫療糾紛，病人及醫師兩造雙方都是受害者，通常是醫師辭職，離開醫院，因此，剝奪醫護人員的醫療機構應該負擔最大比例。
林世嘉強調，政府在醫療經費上的支出年年上升，怎可能連醫糾補償基金都是由政府來支付主要負擔。她認為，醫療機構、政府跟醫生應該要7：2：1，所以醫療機構應該佔到7。
另外，綠營立委陳節如、陳歐珀等人皆認為政府不應該成為賠償基金最大的金主，另外，公益彩券及菸捐都有特定的用途，不應該挪做基金來源之用。
對於立委們的批評，邱文達無奈地說，由醫療機構承擔補償基金的最大比率，恐將窒礙難行，法案不容易通過，還是必須參考國際的案例來制訂比率。
目前「醫糾處理及補償法」草案條文已經送交行政院，最快在1個月內會送交立法院審議。其中「提供即時補償」部分條文與民眾關係密切。如果病患符合補償標準，最遲可在百日拿到補償金，金額最高兩百萬。
資料來源：健康醫療網 http://www.healthnews.com.tw/readnews.php?id=6566