證券交易所得稅採兩階段實施，102年採「設算所得」和「核實課稅」雙軌制，104年將進入第2階段「核實課稅」單軌制。
財政部表示，103年融券或借券賣出，104年回補，同樣有「豁免條款」，不計入104年股票出售總額。
財政部賦稅署組長宋秀玲表示，融券或借券賣出，在回補前無法算出損益，須以回補日為所得年度。但在稅制轉換期，要從寬認定，否則等於逼投資人必須在101年和103年回補，形同干擾股市。
根據財政部預告的「有價證券交易所得計入個人基本所得額查核辦法修正草案」，適用上述豁免條款，在102 年和104年稅制轉換期各有1次機會。