阿里山森鐵由林務局收回營運後，行政院經建會決議阿里山森鐵由台鐵局代營運，營運所需費用全由林務局編列預算支應，林務局並於一○一年及一○二年編列一億四千四百餘萬元，辦理森鐵車輛設備更新、工務設備改善等項。
其中車輛設備更新改善部分，整修七部機關車及五十九列客車廂約一億一千餘萬元，採購七人座工程專用車三輛及四輪傳統工程車四輛共計七百二十萬元。
台鐵已成立森鐵籌備處，於今年九月進駐嘉義機車庫，下轄行車、營運、設施及綜合等四組，正式編制員額九人，除現有一輛公務車，還要再採購七輛公務車，引發外界質疑有違政府節能減碳及浪費公帑之虞，且政府在財政困難，卻仍不知撙節公帑。
對此，林管處表示，台鐵代辦森鐵營運業務所需經費均奉行政院核准，支應細項，都由台鐵視需要調整，該處無可置喙。
鐵路不通 載運材料、人員及機具搶修
台鐵局表示，籌備處九位員工為過渡時期、暫時性編制，未來成立管理處後，人員編制將達三十餘人，編列七輛公務車是因應管理處成立使用，七輛公務車中，四部留在管理處使用，另因森鐵有竹崎、奮起湖及阿里山三個監工區，則各配置一輛公務車，萬一鐵路不通，可以公務車來載運材料、人員及機具搶修。