行政院衛生署發言人王哲超表示，衛生機關現在執行3個動作，首先是監督金墩實業有限公司確實自行回收問題米，其次是前往金墩米的碾米廠抽驗碾過的包裝米，以及市售他牌包裝米，以釐清業者自行送驗的報告疑點。
衛生署食品藥物管理局食品組長蔡淑貞指出，金墩米送驗的是稻穀，但是稻穀脫殼精碾後，殘留農藥會大幅降低，不清楚為何業者會因為稻穀殘留過量農藥，就自行回收下架包裝米。
行政院農業委員會主任委員陳保基表示，金墩米倉庫裡的米，經由農委會農業試驗所快篩結果發現，殘留的疑似是殺菌劑和陶斯松，與業者原宣稱的撲滅松、賽達松不同，有待雙重確認。農委會也不清楚業者依據何種檢驗結果自行下架白米。
陽明大學副教授、台北榮民總醫院臨床毒物科主治醫師楊振昌指出，這些農藥效力會隨時間消退，如果稻米去殼仍殘留過量農藥，可能是農民收割前稻穀不當噴藥，退藥時間不足；但在澳洲，糧商為長期儲存稻穀，也會在進倉時使用殺菌劑。
資料顯示，衛生農政機關自民國95年以來，每隔數年對市售包裝白米，檢驗數十種農藥，檢查結果都合格。
衛生署食藥局區管中心主任潘志寬指出，彰化縣衛生局取得金墩米對濕穀的雙重檢驗報告，結果是陶斯松，檢驗報告有許多疑慮，可能送檢的檢體和回收的白米是兩回事，有待重新檢驗，釐清疑慮，最快2到3天就會有結果。