儘管楊毅強調「海峽兩岸貨幣清算合作備忘錄」已生效，但他指出，根據備忘錄規定，雙方可採取清算行和代理行2種模式開展人民幣業務，若採代理行，台灣的銀行僅需經過台灣主管機構的批准，即可採用代理行的模式開展人民幣業務，若是採清算行，則需透過報件、評審等必要的程式，需要一定的時間。
業內人士指出，若採行代理行，和目前國銀去香港拋補人民幣並無兩樣，將失去互設清算行的初衷。央行也強調，現行本國銀行的國際金融業務分行(OBU)承作的人民幣交易，即採代理行作業，這是任何國際間大型銀行都可以承作的業務，因此，若僅採代理行而非清算行，就無需積極洽簽兩岸貨幣清算機制MOU。
業內人士也表示，清算行設置每日固定可清算的人民幣額度，對於相關業務的開展才有保障，若採代理行，一般民眾無法在國內銀行通路開辦人民幣存、匯款，或是購買人民幣計價金融商品，也將使國內金融業者對人民幣業務大幅開展，期待落空。