行政院晚間發布新聞稿表示，100年度中央機關編列預算員額雖較97年新政府上任前增加3660人，主要是因中央健康保險局於98年由事業機構改制行政機關，將原以事業預算編列的3189人改為公務預算。
行政院並說，台北市、高雄市交通監理業務100年移撥中央機關，將原為地方政府員額計605人移至中央政府編列，並非中央政府另增加員額。
行政院指出，目前正推動組織改造，行政院依據新機關的組織及業務職掌，重新釐定機關編制員額較組改前減少超過1成。
行政院說，實際預算員額的配置，雖未於短期內有明顯精簡，但已透過優惠退離措施精簡431人，中央政府機關員額並沒有因為組織改造不減反增。
行政院指出，102年度中央政府人事費編列新台幣4206億元，占歲出1兆9446億元的21.9%，較101年度的21.7%，微幅上升0.2個百分點，如與99年度的23%相較，則減少1.1個百分點，並未排擠公共建設預算。